雨花石市场价格因品质、尺寸、纹理及收藏价值等因素呈现显著差异，当前市场行情显示，普通级雨花石价格区间为10-50元，多为单色或双色纹理，适合初学者或旅游纪念品市场。这类石头常见于南京清凉山石市或老门东摊位，以开采边角料为主，需求量较大。
精品级雨花石价格在200-2000元之间，主要因草花、水波纹、云雾等自然纹理或山水、人物等意象图案提升价值。例如，直径3厘米的“红梅报春”石因红色玛瑙中嵌入白色雪花纹，曾以1800元成交。此类石头多产自六合横梁等优质产区，需人工精细筛选，常作为文玩或茶席雅器。
收藏级雨花石价格跨度更大，从5000元至无上限。南京博物院旁工坊的“金陵十二钗”石曾以38万元成交，因其集合黄、红、黑三色玛瑙，纹理酷似十二位古装女子。顶级雨花石需满足“形、质、色、纹、韵”五绝标准，且尺寸超过5厘米的完整石料极为罕见，多通过拍卖或私人交易流转。
价格背后的隐形标尺包括地质基因与人文赋值。玉髓质雨花石价格是普通玛瑙的3-5倍，而含蛋白石、水晶共生体的“活石”更属凤毛麟角。人文溢价方面，如“嫦娥奔月”石因白色纹路形似飞天仙子，在2023年南京矿物展上拍出8.8万元，意象命名与题跋为石头注入文化灵魂。
流通渠道同样影响价格。同一块石头在地摊、古玩城、拍卖行的价格可能相差十倍。例如，旅游区旅游纪念品价格通常虚高，而直接联系六合矿区的一手货源可避免中间溢价。当前市场因砂矿关停，精品产量减少，价格呈上涨趋势，部分优质石种如云南水草石因视觉冲击力强，也开始受到收藏者关注。